＜学部・大学院＞
- 文学部・人文学研究科
- 国際人間科学部
- 国際文化学研究科
- 人間発達環境学研究科
- 法学部・法学研究科
- 経済学部・経済学研究科
- 経営学部・経営学研究科
- 理学部・理学研究科
- 医学部医学科・医学研究科
- 医学部保健学科・保健学研究科
- 工学部・工学研究科
- システム情報学研究科
- 農学部・農学研究科
- 海洋政策科学部
- 海事科学部・海事科学研究科
- 国際協力研究科
- 科学技術イノベーション研究科
＜附置研究所・附属学校部＞
＜学内共同教育研究推進組織＞
- バリュースクール
- バイオシグナル総合研究センター
- 内海域環境教育研究センター
- 都市安全研究センター
- 分子フォトサイエンス研究センター
- 海洋底探査センター
- 社会システムイノベーションセンター
- 数理・データサイエンスセンター
- 計算社会科学研究センター
- 先端バイオ工学研究センター
- 先端膜工学研究センター
- 未来医工学研究開発センター
- 次世代光散乱イメージング科学研究センター
- ウェルビーイング先端研究センター
- 水素・未来エネルギー技術研究センター
＜学内共同管理・支援組織＞
- 研究基盤センター
- 環境保全推進センター
- インクルーシブキャンパス＆ヘルスケアセンター
- キャリアセンター
- 高大接続卓越グローバル人材育成センター
- 安全保障輸出管理室
- 安全衛生・環境管理統括室